Николай Шушков е назначен за областен управител на Област Благоевград. Рокадата беше обявена преди минути от Министерски съвет.
В периода 2009 г. – 2010 г. е заемал поста началник на Митница Югозападна България, а от 2005 г. до 2008 г. e бил началник на Митница Кулата.
През 2021 г. е началник Митнически департамент на Thessaloniki Port Authority S.A. dry port Sofia – „ТПА“ София“ ЕАД. Висшето си образование е завършил в Полтавския университет по икономика и търговия в Украйна.